| Title: | Využití paralelismu pro analýzu biomolekul |
| Other Titles: | Utilization of parallelism for analysis of biomolecules |
| Authors: | Majdišová, Zuzana |
| Advisor: | Maňák, Martin |
| Referee: | Skála, Jiří |
| Issue Date: | 2014 |
| Publisher: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Document type: | diplomová práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/12535 |
| Keywords: | aditivně vážený;Voronoi;GPU;OpenCL;paralelismus |
| Keywords in different language: | additively weighted;Voronoi;GPU;OpenCL;parallelism |
| Abstract: | Efektivní analýza biomolekul často vyžaduje popis prostorových vztahů mezi jednotlivými atomy pomocí aditivně váženého Voronoi diagramu, avšak pro velké molekuly a sekvence molekul je získání diagramu časově i paměťově náročné. Cílem práce je prozkoumat možnosti využití vyššího stupně paralelismu GPU k urychlení výpočtu diagramu, navrhnout a implementovat vhodné řešení pro velké molekuly a sekvence. Navržené řešení je založeno na algoritmu trasování hran, přičemž výpočet koncového vrcholu Voronoi hrany je počítán pomocí GPGPU. |
| Abstract in different language: | Effective analysis of biomolecules often requires a description of the spatial relationships between individual atoms using the additively weighted Voronoi diagram. However obtaining such diagrams for large molecules and molecular sequences is a time and memory consuming task. The goal is to explore the possibility of using a higher degree of parallelism offered by GPU to accelerate the computation, and to design and implement appropriate solutions to large molecules and sequences. The proposed solution is based on the edge-tracing algorithm and computes the end vertex of Voronoi edge using GPGPU. |
| Rights: | Plný text práce je přístupný bez omezení. |
| Appears in Collections: | Diplomové práce / Theses (KIV) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| vyuziti_paralelismu_pro_analyzu_biomolekul.pdf | Plný text práce | 14,4 MB | Adobe PDF | View/Open |
| A11N0142Phodnoceni-ved.pdf | Posudek vedoucího práce | 336,78 kB | Adobe PDF | View/Open |
| A11N0142Pposudek-op.pdf | Posudek oponenta práce | 347,4 kB | Adobe PDF | View/Open |
| A11N0142Pobhajoba.pdf | Průběh obhajoby práce | 179,14 kB | Adobe PDF | View/Open |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/12535Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.