| Title: | CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories |
| Other Titles: | CAVER Analyst 2.0: Analýza a vizualizace kanálů a tunelů v proteinových strukturách a trajektoriích molekulární dynamiky |
| Authors: | Jurčík, Adam Bednář, David Byška, Jan Marques, Sérgio Manuel Furmanová, Katarína Daniel, Lukáš Kokkonen, Piia Pauliina Brezovský, Jan Strnad, Ondřej Štourač, Jan Pavelka, Antonín Maňák, Martin Damborský, Jiří Kozlíková, Barbora |
| Citation: | JURČÍK, A., BEDNÁŘ, D., BYŠKA, J., MARQUES, S. M., FURMANOVÁ, K., DANIEL, L., KOKKONEN, P. P., BREZOVSKÝ, J., STRNAD, O., ŠTOURAČ, J., PAVELKA, A., MAŇÁK, M., DAMBORSKÝ, , KOZLÍKOVÁ, B. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. In: Bioinformatics, 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803. |
| Issue Date: | 2018 |
| Publisher: | Oxford University Press |
| Document type: | článek article |
| URI: | 2-s2.0-85054891903 http://hdl.handle.net/11025/31123 |
| ISSN: | 1367-4803 |
| Keywords: | protein;tunel;software;vizualizace |
| Keywords in different language: | protein;tunnel;software;visualization |
| Abstract: | Motivace: Studování transportních cest ligandů, molekul rozpouštědla nebo iontů v trans-membránových proteinech a proteinech s hluboce skrytými aktivním místy tvoří základ k porozumění jejich biologické funkce. Detailní analýza strukturálních vlastností ovlivňujících transportní cesty je také důležitá při výrobě proteinů pro bio-medicínské a bio-technologické aplikace. Výsledky: CAVER Analyst 2.0 je softwarový nástroj pro kvantitativní analýzu a vizualizaci tunelů a kanálů v reálném čase ve statických a dynamických strukturách. Tato verze poskytuje uživatelům mnoho nových funkcí zahrnujících pokročilé techniky intuitivní vizuální inspekce prostoro-časového chování tunelů a kanálů. Novátorské algoritmy zde přináší možnost provádět efektivní analýzu a redukci dat ve velkých proteinových strukturách a simulacích molekulární dynamiky. Dostupnost a implementace: CAVER Analyst 2.0 je multi-platformní samostatná aplikace založená na jazyce Java. Aplikace a dokumentace jsou volně k dispozici na adrese www.caver.cz. |
| Abstract in different language: | Motivation: Studying the transport paths of ligands, solvents, or ions in transmembrane proteins and proteins with buried binding sites is fundamental to the understanding of their biological function. A detailed analysis of the structural features influencing the transport paths is also important for engineering proteins for biomedical and biotechnological applications. Results: CAVER Analyst 2.0 is a software tool for quantitative analysis and real-time visualization of tunnels and channels in static and dynamic structures. This version provides the users with many new functions, including advanced techniques for intuitive visual inspection of the spatiotemporal behavior of tunnels and channels. Novel integrated algorithms allow an efficient analysis and data reduction in large protein structures and molecular dynamic simulations. Availability and implementation: CAVER Analyst 2.0 is a multi-platform standalone Java-based application. Binaries and documentation are freely available at www.caver.cz. |
| Rights: | Plný text není přístupný. © Oxford University Press |
| Appears in Collections: | Články / Articles (NTIS) OBD |
Files in This Item:
| File | Size | Format | |
|---|---|---|---|
| ID 43924052 _Maňák_článek_J.pdf | 166,43 kB | Adobe PDF | View/Open Request a copy |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/31123Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.