Full metadata record
DC poleHodnotaJazyk
dc.contributor.authorJurčík, Adam
dc.contributor.authorBednář, David
dc.contributor.authorByška, Jan
dc.contributor.authorMarques, Sérgio Manuel
dc.contributor.authorFurmanová, Katarína
dc.contributor.authorDaniel, Lukáš
dc.contributor.authorKokkonen, Piia Pauliina
dc.contributor.authorBrezovský, Jan
dc.contributor.authorStrnad, Ondřej
dc.contributor.authorŠtourač, Jan
dc.contributor.authorPavelka, Antonín
dc.contributor.authorMaňák, Martin
dc.contributor.authorDamborský, Jiří
dc.contributor.authorKozlíková, Barbora
dc.date.accessioned2019-03-04T11:50:31Z-
dc.date.available2019-03-04T11:50:31Z-
dc.date.issued2018
dc.identifier.citationJURČÍK, A., BEDNÁŘ, D., BYŠKA, J., MARQUES, S. M., FURMANOVÁ, K., DANIEL, L., KOKKONEN, P. P., BREZOVSKÝ, J., STRNAD, O., ŠTOURAČ, J., PAVELKA, A., MAŇÁK, M., DAMBORSKÝ, , KOZLÍKOVÁ, B. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. In: Bioinformatics, 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803.en
dc.identifier.issn1367-4803
dc.identifier.uri2-s2.0-85054891903
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/31123
dc.description.abstractMotivace: Studování transportních cest ligandů, molekul rozpouštědla nebo iontů v trans-membránových proteinech a proteinech s hluboce skrytými aktivním místy tvoří základ k porozumění jejich biologické funkce. Detailní analýza strukturálních vlastností ovlivňujících transportní cesty je také důležitá při výrobě proteinů pro bio-medicínské a bio-technologické aplikace. Výsledky: CAVER Analyst 2.0 je softwarový nástroj pro kvantitativní analýzu a vizualizaci tunelů a kanálů v reálném čase ve statických a dynamických strukturách. Tato verze poskytuje uživatelům mnoho nových funkcí zahrnujících pokročilé techniky intuitivní vizuální inspekce prostoro-časového chování tunelů a kanálů. Novátorské algoritmy zde přináší možnost provádět efektivní analýzu a redukci dat ve velkých proteinových strukturách a simulacích molekulární dynamiky. Dostupnost a implementace: CAVER Analyst 2.0 je multi-platformní samostatná aplikace založená na jazyce Java. Aplikace a dokumentace jsou volně k dispozici na adrese www.caver.cz.cs
dc.format20 s.cs
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isoenen
dc.publisherOxford University Pressen
dc.rightsPlný text není přístupný.cs
dc.rights© Oxford University Pressen
dc.subjectproteincs
dc.subjecttunelcs
dc.subjectsoftwarecs
dc.subjectvizualizacecs
dc.titleCAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectoriesen
dc.title.alternativeCAVER Analyst 2.0: Analýza a vizualizace kanálů a tunelů v proteinových strukturách a trajektoriích molekulární dynamikycs
dc.typečlánekcs
dc.typearticleen
dc.rights.accessclosedAccessen
dc.type.versionpublishedVersionen
dc.description.abstract-translatedMotivation: Studying the transport paths of ligands, solvents, or ions in transmembrane proteins and proteins with buried binding sites is fundamental to the understanding of their biological function. A detailed analysis of the structural features influencing the transport paths is also important for engineering proteins for biomedical and biotechnological applications. Results: CAVER Analyst 2.0 is a software tool for quantitative analysis and real-time visualization of tunnels and channels in static and dynamic structures. This version provides the users with many new functions, including advanced techniques for intuitive visual inspection of the spatiotemporal behavior of tunnels and channels. Novel integrated algorithms allow an efficient analysis and data reduction in large protein structures and molecular dynamic simulations. Availability and implementation: CAVER Analyst 2.0 is a multi-platform standalone Java-based application. Binaries and documentation are freely available at www.caver.cz.en
dc.subject.translatedproteinen
dc.subject.translatedtunnelen
dc.subject.translatedsoftwareen
dc.subject.translatedvisualizationen
dc.identifier.doi10.1093/bioinformatics/bty386
dc.type.statusPeer-revieweden
dc.identifier.document-number448782100024
dc.identifier.obd43924052
dc.project.IDGA17-07690S/Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinechcs
dc.project.IDLO1506/PUNTIS - Podpora udržitelnosti centra NTIS - Nové technologie pro informační společnostcs
Vyskytuje se v kolekcích:Články / Articles (NTIS)
OBD

Soubory připojené k záznamu:
Soubor VelikostFormát 
ID 43924052 _Maňák_článek_J.pdf166,43 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít  Vyžádat kopii
Zobrazit minimální záznam Zobrazit statistiky


Použijte tento identifikátor k citaci nebo jako odkaz na tento záznam: http://hdl.handle.net/11025/31123

Všechny záznamy v DSpace jsou chráněny autorskými právy, všechna práva vyhrazena.

hledání
navigace
  1. DSpace at University of West Bohemia
  2. Publikační činnost / Publications
  3. OBD