Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.authorMaňák, Martin
dc.date.accessioned2019-11-11T11:00:19Z-
dc.date.available2019-11-11T11:00:19Z-
dc.date.issued2019
dc.identifier.citationTOMICZKOVÁ, S., MILSIMEROVÁ, A. Motivation of a student in geometry courses at the faculty of mechanics. In: Aplimat : Journal of Applied Mathematics. Bratislava: Slovak University of Technology in Bratislava, 2019. s. 1174-1182. ISBN 978-1-5108-8214-0, ISSN 1337-6365.en
dc.identifier.isbn978-1-5108-8214-0
dc.identifier.issn0192-8651
dc.identifier.uri2-s2.0-85070801958
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/35836
dc.description.abstractFunkce enzymatických proteinů souvisí s jejich schopností vázat specifické malé molekuly v aktivních místech. Tato místa lze často najít v kapsách na hypotetickém rozhraní mezi proteinem a jeho okolním prostředím. Detekce, analýza a vizualice kapes se uplatňuje při návrhu nových proteinů a při objevování léků. V minulosti bylo navrženo mnoho definic kapes a algoritmů pro jejich výpočet. Kawabata a Go definují kapsy jako regiony prázdného prostoru, do kterých může vstoupit malá sférická sonda ale velká ne, a vyvinuli programy pro výpočet přibližného tvaru těchto kapes. V tomto článku byla tato definice mírně upravena, aby bylo možné zachytit existenci velkých vnitřních děr, a je zde navržena metoda pro výpočet jejich přesného tvaru s pomocí Voroného diagramu. Tato metoda nejprve umístí konečný počet velkých sond na vnější povrch modelu proteinu. Tyto velké sondy společně s atomy proteinu tvoří bariéru pro malou sondu. Poté se spočítá přesný tvar regionů pro malou sondu. Voroného diagramy zde pomáhají s bezpečnou navigací sférických sond mezi sférickými překážkami. Detekované regiony jsou interně reprezentovány jako grafy vrcholů a hran popisující možný pohyb středu malé sondy podél Voroného hran. Z této grafové reprezentace lze získat povrch ohraničující každý region a použít ho pro vizualizaci, výpočtet objemu, nebo pro porovnání s jinými metodami.cs
dc.format9 s.
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isoenen
dc.publisherSlovak University of Technology in Bratislavaen
dc.relation.ispartofseriesAplimat : Journal of Applied Mathematicsen
dc.rightsPlný text je přístupný v rámci univerzity přihlášeným uživatelům.cs
dc.rights© Slovak University of Technology in Bratislavaen
dc.subjectaktivní místocs
dc.subjectkapsacs
dc.subjectdutinacs
dc.subjectmalá sondacs
dc.subjectvelká sondacs
dc.subjectVoroného diagramcs
dc.titleVoronoi-Based Detection of Pockets in Proteins Defined by Large and Small Probesen
dc.title.alternativeDetekce kapes v proteinech pomocí velké a malé sondy a Voroného diagramucs
dc.typekonferenční příspěvekcs
dc.typeconferenceObjecten
dc.rights.accessrestrictedAccessen
dc.type.versionpublishedVersionen
dc.description.abstract-translatedStudents often ask what theoretical subjects will teach them for their future careers. It is advisable to show real problems during their courses which are solved by experts in practice or doctoral students. One such problem is the sharpening of a hobbing worm milling cutter. Theoretical foundations from the geometry course have been used to solve this problem.en
dc.subject.translatedbinding siteen
dc.subject.translatedpocketen
dc.subject.translatedcavityen
dc.subject.translatedsmall probeen
dc.subject.translatedlarge probeen
dc.subject.translatedVoronoi diagramen
dc.identifier.doi10.1002/jcc.25828
dc.type.statusPeer-revieweden
dc.identifier.document-number470013600003
dc.identifier.obd43926181
Appears in Collections:Konferenční příspěvky / Conference Papers (RTI)
Konferenční příspěvky / Conference papers (KTO)
Konferenční příspěvky / Conference papers (NTIS)
Preprinty / Preprints (NTIS)
OBD

Files in This Item:
File SizeFormat 
Maňák 2019 JCC - Pockets.pdf3,51 MBAdobe PDFView/Open    Request a copy


Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11025/35836

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.

search
navigation
  1. DSpace at University of West Bohemia
  2. Publikační činnost / Publications
  3. OBD