Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.authorDvořák, Jan
dc.contributor.authorMaňák, Martin
dc.contributor.authorVáša, Libor
dc.date.accessioned2020-09-07T10:00:14Z-
dc.date.available2020-09-07T10:00:14Z-
dc.date.issued2020
dc.identifier.citationDVOŘÁK, J., MAŇÁK, M., VÁŠA, L. Predictive compression of molecular dynamics trajectories. Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2020, roč. 96, č. MAY 2020, s. 1-10. ISSN 1093-3263.en
dc.identifier.issn1093-3263
dc.identifier.uri2-s2.0-85078274245
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/39609
dc.description.abstractSimulace molekulární dynamiky pomáhá lépe porozumět složitému chování molekul. Výstupem takové simulace je popis trajektorií jednotlivých atomů pomocí snímků jejich pozic v čase. Pro redukci dat velmi dlouhých trajektorií bylo vyvinuto mnoho kompresních metod. Redukce dat je zpravidla dosaženo omezením přesnosti souřadnic, kódováním rozdílů místo absolutních hodnot, redukcí dimenzionality pomocí analýzy hlavních komponent, případně se pro redukci dat používají polynomy aproximující jednotlivé trajektorie. V předchozích metodách ale ještě nebyl plně využit potenciál pro zlepšení komprese, pokud se berou v úvahu i vazby mezi atomy. Proto jsme vyvinuli metodu ztrátové komprese, která dokáže zachytit zejména lokální rotační pohyb atomů vzhledem k jejich vazbě na sousední atomy a použít tuto informaci k predikci pozic atomů v každém snímku. Maximální povolená chyba souřadnic je při dekompresi plně pod kontrolou. V našich experimentech jsme s touto metodou dosáhli významně lepšího datového toku než u ostatních metod na stejné úrovni maximální povolené chyby.cs
dc.format10 s.
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isoenen
dc.publisherElsevieren
dc.relation.ispartofseriesJournal of Molecular Graphics and Modellingen
dc.rightsPlný text je přístupný v rámci univerzity přihlášeným uživatelům.cs
dc.rights© Elsevieren
dc.subjectKompresecs
dc.subjecttrajektoriecs
dc.subjectprocházení grafucs
dc.subjectmolekulární simulacecs
dc.subjectmolekulární dynamikacs
dc.subjectkódovánícs
dc.titlePredictive compression of molecular dynamics trajectoriesen
dc.title.alternativePrediktivní komprese trajektorií molekulární dynamikycs
dc.typečlánekcs
dc.typearticleen
dc.rights.accessrestrictedAccessen
dc.type.versionpublishedVersionen
dc.description.abstract-translatedMolecular dynamics simulations help to understand the complex behavior of molecules. The output of such a simulation describes the trajectories of individual atoms as snapshots of atom positions in time. Many compression schemes were developed to reduce the amount of data needed for storing long trajectories. This is achieved by limiting the precision of coordinates, encoding differences instead of absolute values, dimensionality reduction by principal component analysis, or by using polynomials approximating vertex trajectories. However, compression schemes using actual bonds between atoms have not been utilized to their full potential. Therefore, we developed a lossy compression method that captures the local, mostly rotational movement of atoms with respect to their bonded neighbors and predicts their positions in each frame. This allows full control over the data distortion. In our experiments, the method achieves data rates which are substantially better than the rates achieved by competing methods at the same error level.en
dc.subject.translatedCompressionen
dc.subject.translatedtrajectoryen
dc.subject.translatedgraph traversalen
dc.subject.translatedmolecular simulationsen
dc.subject.translatedmolecular dynamicsen
dc.subject.translatedencodingen
dc.identifier.doi10.1016/j.jmgm.2020.107531
dc.type.statusPeer-revieweden
dc.identifier.document-number515207000028
dc.identifier.obd43929102
dc.project.IDGA17-07690S/Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinechcs
dc.project.IDLO1506/PUNTIS - Podpora udržitelnosti centra NTIS - Nové technologie pro informační společnostcs
dc.project.IDSGS-2019-016/Syntéza a analýza geometrických a výpočetních modelůcs
Appears in Collections:Články / Articles (KIV)
OBD



Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11025/39609

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.

search
navigation
  1. DSpace at University of West Bohemia
  2. Publikační činnost / Publications
  3. OBD