Full metadata record
DC poleHodnotaJazyk
dc.contributor.advisorGeorgiev Daniel, Doc. PhD.
dc.contributor.authorHonzík, Tomáš
dc.contributor.refereeKasl Hynek, Ing.
dc.date.accepted2022-9-8
dc.date.accessioned2022-11-10T14:47:19Z-
dc.date.available2021-10-1
dc.date.available2022-11-10T14:47:19Z-
dc.date.issued2022
dc.date.submitted2022-8-26
dc.identifier90051
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/50247-
dc.description.abstractNávrh vícebuněčných biologických kvasinkových obvodů zpravidla spoléhá na feromonovou signalizaci. Osvědčeným přístupem je použití přirozených pářících signálů jako základ pro přenos informací z jedné buňky na druhou. Takové návrhy zpravidla používají aktivovanou formu transkripčního faktoru STE12 (výsledků feromonové indukce) jako rozhraní pro další zpracování signálu vytvořeného uvnitř buňky. Jelikož je STE12 aktivátor, tento přístup umožňuje pouze aktivaci genové exprese a represe musí být provedena nepřímo za pomoci exprese pomocného transkripčního faktoru (TF). Tato práce navrhuje jednoduchý výpočetní přístup pro kombinaci DNA sekvence promotoru a omických dat pro výběr divokých kvasinkových promotorů s~požadovanými vlastnostmi, tedy represí při indukci alfa-faktorem. Vyhnutím se vícekrokového přístupu a vytvořením represivního mechanismu přímo na úrovni promotoru je zajištěna ortogonalita k přirozeným buněčným procesům a umožněna lepší časová odezva.cs
dc.format46 s
dc.language.isoen
dc.publisherZápadočeská univerzita v Plzni
dc.rightsPlný text práce je přístupný bez omezení
dc.subjectsaccharomyces cerevisiaecs
dc.subjectkvasinkacs
dc.subjectlogikacs
dc.subjectnot bránacs
dc.subjectvícebuňečné sítěcs
dc.subjectdegradace bílkovincs
dc.subjectpromotorcs
dc.subjectortogonalitacs
dc.subjectmodularitacs
dc.titleKvasinkové systémy pro programovatelnou degradaci proteinůcs
dc.title.alternativeYeast systems for programmable protein degradationen
dc.typediplomová práce
dc.thesis.degree-nameIng.
dc.thesis.degree-levelNavazující
dc.thesis.degree-grantorZápadočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných věd
dc.thesis.degree-programAplikované vědy a informatika
dc.description.resultObhájeno
dc.description.abstract-translatedThe design of multicellular biological yeast circuits usually relies on pheromone signaling. It is well established to use natural mating signaling as a~backbone of the information transmission from one cell to another. Such designs typically use an activated form of the transcription factor STE12 (a~result of the pheromone induction) as an interface for a downstream signal processing implemented within the cell. Since the STE12 is an activator, this approach only allows for the gene transcription activation and the repression must be done indirectly by expressing another transcription factor (TF). This work proposes a simple computational approach to the combination of the promoter DNA sequence and omics data for the selection of wild-type Saccharomyces Cerevisiae promoters with the desired repression of the transcription upon an alpha-factor induction. By avoiding the multistep process with intermediate TFs and building the repression mechanism directly on the promoter level, the orthogonality to cell machinery is guaranteed and time response is potentially improved.en
dc.subject.translatedsaccharomyces cerevisiaeen
dc.subject.translatedyeasten
dc.subject.translatedlogicen
dc.subject.translatednot gateen
dc.subject.translatedmulticellular networksen
dc.subject.translatedprotein degradationen
dc.subject.translatedpromoteren
dc.subject.translatedorthogonalityen
dc.subject.translatedmodularityen
Vyskytuje se v kolekcích:Diplomové práce / Theses (KKY)

Soubory připojené k záznamu:
Soubor Popis VelikostFormát 
TH_Master_Thesis.pdfPlný text práce3,47 MBAdobe PDFZobrazit/otevřít
Honzik_O.pdfPosudek oponenta práce502,78 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
Honzik_V.pdfPosudek vedoucího práce99,19 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
Honzik_P.pdfPrůběh obhajoby práce239,05 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
Zobrazit minimální záznam Zobrazit statistiky


Použijte tento identifikátor k citaci nebo jako odkaz na tento záznam: http://hdl.handle.net/11025/50247

Všechny záznamy v DSpace jsou chráněny autorskými právy, všechna práva vyhrazena.

hledání
navigace
  1. DSpace at University of West Bohemia
  2. Vysokoškolské kvalifikační práce / Theses
  3. Fakulta aplikovaných věd / Faculty of Applied Sciences
  4. Katedra kybernetiky / Department of Cybernetics
  5. Diplomové práce / Theses (KKY)