| Title: | Kvasinkové systémy pro programovatelnou degradaci proteinů |
| Other Titles: | Yeast systems for programmable protein degradation |
| Authors: | Honzík, Tomáš |
| Advisor: | Georgiev Daniel, Doc. PhD. |
| Referee: | Kasl Hynek, Ing. |
| Issue Date: | 2022 |
| Publisher: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Document type: | diplomová práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/50247 |
| Keywords: | saccharomyces cerevisiae;kvasinka;logika;not brána;vícebuňečné sítě;degradace bílkovin;promotor;ortogonalita;modularita |
| Keywords in different language: | saccharomyces cerevisiae;yeast;logic;not gate;multicellular networks;protein degradation;promoter;orthogonality;modularity |
| Abstract: | Návrh vícebuněčných biologických kvasinkových obvodů zpravidla spoléhá na feromonovou signalizaci. Osvědčeným přístupem je použití přirozených pářících signálů jako základ pro přenos informací z jedné buňky na druhou. Takové návrhy zpravidla používají aktivovanou formu transkripčního faktoru STE12 (výsledků feromonové indukce) jako rozhraní pro další zpracování signálu vytvořeného uvnitř buňky. Jelikož je STE12 aktivátor, tento přístup umožňuje pouze aktivaci genové exprese a represe musí být provedena nepřímo za pomoci exprese pomocného transkripčního faktoru (TF). Tato práce navrhuje jednoduchý výpočetní přístup pro kombinaci DNA sekvence promotoru a omických dat pro výběr divokých kvasinkových promotorů s~požadovanými vlastnostmi, tedy represí při indukci alfa-faktorem. Vyhnutím se vícekrokového přístupu a vytvořením represivního mechanismu přímo na úrovni promotoru je zajištěna ortogonalita k přirozeným buněčným procesům a umožněna lepší časová odezva. |
| Abstract in different language: | The design of multicellular biological yeast circuits usually relies on pheromone signaling. It is well established to use natural mating signaling as a~backbone of the information transmission from one cell to another. Such designs typically use an activated form of the transcription factor STE12 (a~result of the pheromone induction) as an interface for a downstream signal processing implemented within the cell. Since the STE12 is an activator, this approach only allows for the gene transcription activation and the repression must be done indirectly by expressing another transcription factor (TF). This work proposes a simple computational approach to the combination of the promoter DNA sequence and omics data for the selection of wild-type Saccharomyces Cerevisiae promoters with the desired repression of the transcription upon an alpha-factor induction. By avoiding the multistep process with intermediate TFs and building the repression mechanism directly on the promoter level, the orthogonality to cell machinery is guaranteed and time response is potentially improved. |
| Rights: | Plný text práce je přístupný bez omezení |
| Appears in Collections: | Diplomové práce / Theses (KKY) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| TH_Master_Thesis.pdf | Plný text práce | 3,47 MB | Adobe PDF | View/Open |
| Honzik_O.pdf | Posudek oponenta práce | 502,78 kB | Adobe PDF | View/Open |
| Honzik_V.pdf | Posudek vedoucího práce | 99,19 kB | Adobe PDF | View/Open |
| Honzik_P.pdf | Průběh obhajoby práce | 239,05 kB | Adobe PDF | View/Open |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/50247Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.