Název: Computation of tunnels in protein molecules using Delaunay triangulation
Autoři: Medek, Petr
Beneš, Petr
Sochor, Jiří
Citace zdrojového dokumentu: Journal of WSCG. 2007, vol. 15, no. 1-3, p. 107-114.
Datum vydání: 2007
Nakladatel: Václav Skala - UNION Agency
Typ dokumentu: article
článek
URI: http://wscg.zcu.cz/wscg2007/Papers_2007/journal/!WSCG2007_Journal_Final.zip
http://hdl.handle.net/11025/11192
ISBN: 978-80-86943-00-8
ISSN: 1213-6972 (hardcopy)
1213-6964 (online)
1213-6980 (CD-ROM)
Klíčová slova: molekuly proteinů;tunely;Voronoiův diagram;Delaunayova triangulace
Klíčová slova v dalším jazyce: protein molecules;tunnels;Voronoi diagram;Delaunay triangulation
Abstrakt: This paper presents a new method of specific cavity analysis in protein molecules. Long-term biochemical research has the discovery that protein molecule behaviour depends on the existence of cavities (tunnels) leading from the inside of the molecule to its surface. Previous methods of tunnel computation were based on space rasterization. Our approach is based on computational geometry and uses Voronoi diagram and Delaunay triangulation. Our method computes tunnels with better quality in reasonable computational time. The proposed algorithm was implemented and tested on several real protein molecules and is expected to be used in various applications in protein modelling and analysis. This is an interesting example of applying computational geometry principles to practical problems.
Práva: © Václav Skala - UNION Agency
Vyskytuje se v kolekcích:Volume 15, number 1-3 (2007)

Soubory připojené k záznamu:
Soubor Popis VelikostFormát 
Medek.pdfPlný text436,95 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít


Použijte tento identifikátor k citaci nebo jako odkaz na tento záznam: http://hdl.handle.net/11025/11192

Všechny záznamy v DSpace jsou chráněny autorskými právy, všechna práva vyhrazena.