| Název: | Screening mikroorganismů a patogenů na vybraném historickém pohřebišti |
| Další názvy: | Screening of microorganisms and pathogens at a selected historic burial site |
| Autoři: | Zichová, Eva |
| Vedoucí práce/školitel: | Pavelka Jaroslav, Mgr. Ph.D. |
| Datum vydání: | 2021 |
| Nakladatel: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Typ dokumentu: | bakalářská práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/45168 |
| Klíčová slova: | pohřebiště;screening;bakterie;metagenomická analýza;illumina miseq |
| Klíčová slova v dalším jazyce: | burial sites;screening;bacteria;metagenomic analysis;illumina miseq |
| Abstrakt: | Práce je zaměřena na screening bakterií na dvou historických pohřebištích. Bylo odebráno a následně zpracováno pět vzorků. Dva vzorky pocházejí z pohřebiště v Semonicích (asi 2. polovina 18. století), jeden z těchto vzorků byl získán odběrem z dutiny břišní, druhý pochází ze zubu. Druhou zvolenou lokalitou bylo pohřebiště v Hostivici (asi 2. pol. 16. až 1. pol. 17. století), zde byly odebrány tři vzorky, všechny ze zubů. Vzorky byly zpracovány v Bioptické laboratoři s.r.o., za pomocí metagenomické analýzy. Sekvenování bylo provedeno na přístroji IlluminaMiSeq, použitým softwarem byl Isas (Analysis Software) verze 2.6.2.3. Tímto způsobem bylo získáno značné množství dat, vyžadující podrobné zpracovaní. V každém z pěti vzorků bylo zařazeno do taxonomických jednotek přibližně 1 000 - 2 500 bakterií, přičemž čtení sekvencí a následné řazení do taxonomických jednotek někde dalo na konečném výstupu opakovaně stejné rody a druhy. Bylo zjištěno, že taxonomické zastoupení bakterií ze vzorku zubu z pohřebiště v Semonicích, se oproti vzorku odebranému z dutiny břišní v téže lokalitě neliší, přestože se odběr vzorků uskutečnil z těl dvou různých jedinců. Taxonomické zastoupení bakterií ve vzorcích získaných z Hostivice, se mezi sebou také významně nelišilo. Při vzájemném porovnání vzorků z obou lokalit, byly prokázány početní rozdíly u nejvíce se vyskytujících bakterií, nicméně jejich taxonomické zastoupení bylo v obou lokalitách v podstatě shodné. Podobné výzkumy nebyly zatím provedeny ani publikovány. Jedná se do značné míry o pilotní práci. Získaná data by měla být dále podrobněji zpracována, nabyté poznatky utříděny, a dále využity v odvětvích jako je pedologie nebo zemědělství. |
| Abstrakt v dalším jazyce: | The work focuses on bacterial screening at two historical burial sites. Five samples were taken and subsequently processed. Two samples come from a burial site in Semonice (about the second half of the 18th century), one of these samples was obtained from the abdominal cavity, the other one comes from a tooth. The second selected place was the burial site in Hostivice (about between 2nd half of the 16th and 1st half of the 17th century), three samples were taken here, all from teeth. The samples were processed in the Bioptic Laboratory s.r.o. using metagenomic analysis. Sequencing was performed on Illumina MiSeq, the software used was Isas (Analysis Software) version 2.6.2.3. In this way, a significant amount of data was obtained which required detailed processing. In each of the five samples, approximately 1 000 - 2 500 bacteria were assigned to taxonomic units.Reading sequential data and subsequent classifying into taxonomic unitsrepeatedly showed the same genera and species at final output. It has been discovered that the taxonomic classification of bacteria from the tooth sample from the burial site in Semonice is no different from the sample taken from the abdominal cavity in the same site, although the samples were collected from bodies of two different individuals. The taxonomic classification of bacteria in the samples obtained from Hostivice was also not significantly different from one another. When comparing samples from both sites, numerical differences in the most frequent bacteria were demonstrated, but their taxonomic classification was essentially the same in both sites. Similar research has not yet been carried out or published. This is largely pilot work. The data obtained should be further elaborated in more detail, the acquired knowledge should be classified and be of further usein branches such as pedology or agriculture. |
| Práva: | Plný text práce je přístupný bez omezení. |
| Vyskytuje se v kolekcích: | Bakalářské práce / Bachelor´s works (CBG) |
Soubory připojené k záznamu:
| Soubor | Popis | Velikost | Formát | |
|---|---|---|---|---|
| Bakalarska prace - Eva Zichova.pdf | Plný text práce | 2,62 MB | Adobe PDF | Zobrazit/otevřít |
| ZICHOVA_VEDOUCI.pdf | Posudek vedoucího práce | 429,71 kB | Adobe PDF | Zobrazit/otevřít |
| ZICHOVA_OPONENT.pdf | Posudek oponenta práce | 692,57 kB | Adobe PDF | Zobrazit/otevřít |
| ZICHOVA_PRUBEH OBHAJOBY.pdf | Průběh obhajoby práce | 118,49 kB | Adobe PDF | Zobrazit/otevřít |
Použijte tento identifikátor k citaci nebo jako odkaz na tento záznam:
http://hdl.handle.net/11025/45168Všechny záznamy v DSpace jsou chráněny autorskými právy, všechna práva vyhrazena.