Full metadata record
DC poleHodnotaJazyk
dc.contributor.advisorKolingerová, Ivana
dc.contributor.authorJirkovský, Lukáš
dc.contributor.refereeZemek, Michal
dc.date.accepted2014-06-16
dc.date.accessioned2015-03-25T09:26:59Z
dc.date.available2013-08-30cs
dc.date.available2015-03-25T09:26:59Z
dc.date.issued2014
dc.date.submitted2014-05-14
dc.identifier57867
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/12533
dc.description.abstractS pokrokem v biochemii a ve vývoji léků analýza molekulárních dat nabývá na důležitosti. Jednou z mnoha vlastností, které je možno zkoumat, jsou nepřístupné dutiny a povrchové prohlubně. K účelu jejich nalezení se obvykle definuje sonda reprezentující rozpouštědlo, jakým je např. voda. V diplomové práci jsem se zaměřil na řešení problému hledání a vizualizace dutin ve velkých molekulách až se stovkami tisíc atomů. Pro rychlé hledání dutin při proměnné velikosti sondy je využito předzpracování s vyžitím Delaunay triangulace atomů molekuly. Tvar dutiny je možné zpřesnit pomocí algoritmu využívající aditivně váženého Voroného diagramu. Protože nalezených dutin může být velmi mnoho, je důležité i jejich filtrování. Pro tento účel práce zavádí nové metody vyjadřující různé vlastnosti dutin, které mohou být k filtrování použity.cs
dc.format69 s.cs
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isoenen
dc.publisherZápadočeská univerzita v Plznics
dc.relation.isreferencedbyhttps://portal.zcu.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=57867-
dc.rightsPlný text práce je přístupný bez omezení.cs
dc.subjectproteincs
dc.subjectvisualizacecs
dc.subjectray castingcs
dc.subjectmodelovánícs
dc.subjectVoronoi diagramcs
dc.subjectdutinycs
dc.subjectDelaunayova triangulacecs
dc.titleVýpočet a vizualizace dutin ve velkých modelech molekulcs
dc.title.alternativeComputation and Visualization of Cavities in Large Molecule Modelsen
dc.typediplomová prácecs
dc.thesis.degree-nameIng.cs
dc.thesis.degree-levelNavazujícícs
dc.thesis.degree-grantorZápadočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných vědcs
dc.description.departmentKatedra informatiky a výpočetní technikycs
dc.thesis.degree-programInženýrská informatikacs
dc.description.resultObhájenocs
dc.rights.accessopenAccessen
dc.description.abstract-translatedWith the advances in biochemistry and drug design in the late years, the analysis of molecular data has seen an increased attention. One of the many properties being researched are inaccessible cavities, which are an empty space inside a molecule, and surface depressions called pockets. To discover such empty space, a spherical probe representing a solvent is often used. In this thesis we tried to solve the problem of finding and visualizing cavities in large molecules of up to hundreds of thousands of atoms. The algorithm finds approximate cavities in a molecule. To allow quick updates when a probe radius is changed, it uses a preprocessing stage where a Delaunay triangulation of molecule atoms is computed. If a precise shape is desired, an algorithm that uses an additively-weighted Voronoi diagram can be used to improve the shape of cavity. Because there may be a large number of cavities found for a selected probe radius, the filtering of cavities is also important. To support filtering, new methods to measure cavity properties are introduced in this work.en
dc.subject.translatedproteinen
dc.subject.translatedvisualizationen
dc.subject.translatedray castingen
dc.subject.translatedmodellingen
dc.subject.translatedVoronoi diagramen
dc.subject.translatedcavitiesen
dc.subject.translatedDelaunay triangulationen
Vyskytuje se v kolekcích:Diplomové práce / Theses (KIV)

Soubory připojené k záznamu:
Soubor Popis VelikostFormát 
thesis.pdfPlný text práce14,84 MBAdobe PDFZobrazit/otevřít
A11N0140Phodnoceni-ved.pdfPosudek vedoucího práce260,62 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
A11N0140Pposudek-op.pdfPosudek oponenta práce588,67 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
A11N0140Pobhajoba.pdfPrůběh obhajoby práce190,88 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
Zobrazit minimální záznam Zobrazit statistiky


Použijte tento identifikátor k citaci nebo jako odkaz na tento záznam: http://hdl.handle.net/11025/12533

Všechny záznamy v DSpace jsou chráněny autorskými právy, všechna práva vyhrazena.

hledání
navigace
  1. DSpace at University of West Bohemia
  2. Vysokoškolské kvalifikační práce / Theses
  3. Fakulta aplikovaných věd / Faculty of Applied Sciences
  4. Katedra informatiky a výpočetní techniky / Department of Computer Science and Engineering
  5. Diplomové práce / Theses (KIV)