| Title: | Výpočet a vizualizace dutin ve velkých modelech molekul |
| Other Titles: | Computation and Visualization of Cavities in Large Molecule Models |
| Authors: | Jirkovský, Lukáš |
| Advisor: | Kolingerová, Ivana |
| Referee: | Zemek, Michal |
| Issue Date: | 2014 |
| Publisher: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Document type: | diplomová práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/12533 |
| Keywords: | protein;visualizace;ray casting;modelování;Voronoi diagram;dutiny;Delaunayova triangulace |
| Keywords in different language: | protein;visualization;ray casting;modelling;Voronoi diagram;cavities;Delaunay triangulation |
| Abstract: | S pokrokem v biochemii a ve vývoji léků analýza molekulárních dat nabývá na důležitosti. Jednou z mnoha vlastností, které je možno zkoumat, jsou nepřístupné dutiny a povrchové prohlubně. K účelu jejich nalezení se obvykle definuje sonda reprezentující rozpouštědlo, jakým je např. voda. V diplomové práci jsem se zaměřil na řešení problému hledání a vizualizace dutin ve velkých molekulách až se stovkami tisíc atomů. Pro rychlé hledání dutin při proměnné velikosti sondy je využito předzpracování s vyžitím Delaunay triangulace atomů molekuly. Tvar dutiny je možné zpřesnit pomocí algoritmu využívající aditivně váženého Voroného diagramu. Protože nalezených dutin může být velmi mnoho, je důležité i jejich filtrování. Pro tento účel práce zavádí nové metody vyjadřující různé vlastnosti dutin, které mohou být k filtrování použity. |
| Abstract in different language: | With the advances in biochemistry and drug design in the late years, the analysis of molecular data has seen an increased attention. One of the many properties being researched are inaccessible cavities, which are an empty space inside a molecule, and surface depressions called pockets. To discover such empty space, a spherical probe representing a solvent is often used. In this thesis we tried to solve the problem of finding and visualizing cavities in large molecules of up to hundreds of thousands of atoms. The algorithm finds approximate cavities in a molecule. To allow quick updates when a probe radius is changed, it uses a preprocessing stage where a Delaunay triangulation of molecule atoms is computed. If a precise shape is desired, an algorithm that uses an additively-weighted Voronoi diagram can be used to improve the shape of cavity. Because there may be a large number of cavities found for a selected probe radius, the filtering of cavities is also important. To support filtering, new methods to measure cavity properties are introduced in this work. |
| Rights: | Plný text práce je přístupný bez omezení. |
| Appears in Collections: | Diplomové práce / Theses (KIV) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| thesis.pdf | Plný text práce | 14,84 MB | Adobe PDF | View/Open |
| A11N0140Phodnoceni-ved.pdf | Posudek vedoucího práce | 260,62 kB | Adobe PDF | View/Open |
| A11N0140Pposudek-op.pdf | Posudek oponenta práce | 588,67 kB | Adobe PDF | View/Open |
| A11N0140Pobhajoba.pdf | Průběh obhajoby práce | 190,88 kB | Adobe PDF | View/Open |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/12533Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.