| Title: | Laditelný pulzní generátor v genetických systémech eukaryot |
| Other Titles: | A tunable pulse generator in eukaryotic gene systems |
| Authors: | Sosnová, Anna |
| Advisor: | Georgiev Daniel, Doc. PhD. |
| Referee: | Kasl Hynek, Bc. |
| Issue Date: | 2019 |
| Publisher: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Document type: | diplomová práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/39268 |
| Keywords: | pulzní generátor;nekoherentní dopředná smyčka;matematický model;crispr;dcas9;kvasinka |
| Keywords in different language: | pulse generator;incoherent feed-forward loop;mathematical model;crispr;dcas9;yeast |
| Abstract: | Nekoherentní dopředná smyčka typu 1 (I1-FFL), která se chová jako pulzní generátor, je nejběžněji se vyskytujícím typem transkripčních sítí v bakteriích i kvasinkách. Tato práce uvádí nový design pulzního generátoru, který je indukovaný feromonem. Indukce feromonem je použita pro aktivaci přímé dráhy I1-FFL a také pro indukovanou produkci "mrtvé" Cas9 (dCas9). dCas9, převzaté z CRISPR-Cas9 systému, je použito pro represi v nepřímé dráze. Je představen matematický model navrženého systému a neznámé parametry jsou identifikovány experimentálně. Jsou zkoumány 2 mutace sgRNA a je ukázáno, že jejich použitím dojde ke změně dynamického chování systému. |
| Abstract in different language: | Type 1 incoherent feed-forward loop (I1-FFL), which behaves as a pulse generator, is the most common transcription network motif in both bacteria and yeast. This work proposes a new design of pulse generator in yeast cell induced by pheromone. Pheromone induction is used for activation of the direct path of I1-FFL and also induced dead Cas9 (dCas9) production. dCas9 implemented from the CRISPR-Cas9 system is used for the repression in the indirect path. Mathematical model of the system is introduced and unknown parameters are experimentally identified. 2 mutations of sgRNA are examined and it is shown, that their use changes the dynamic behavior of the system. |
| Rights: | Plný text práce je přístupný bez omezení. |
| Appears in Collections: | Diplomové práce / Theses (KKY) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| DP_Sosnova.pdf | Plný text práce | 2,83 MB | Adobe PDF | View/Open |
| sosnova-v.pdf | Posudek vedoucího práce | 841,22 kB | Adobe PDF | View/Open |
| sosnova-o.pdf | Posudek oponenta práce | 739,89 kB | Adobe PDF | View/Open |
| sosnova-p.pdf | Průběh obhajoby práce | 365,22 kB | Adobe PDF | View/Open |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/39268Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.